Une vaste étude génomique publiée en avril 2026 dans Nature apporte un nouvel éclairage sur l’histoire des peuples autochtones des Amériques. En analysant 128 génomes issus de 45 populations, les chercheurs révèlent une diversité longtemps sous-estimée, plusieurs dispersions anciennes en Amérique du Sud et des traces génétiques dont certaines remontent à plus de 10 000 ans. Loin d’effacer les connaissances précédentes, ces résultats rendent l’histoire du peuplement continental beaucoup plus complexe.
Pendant longtemps, l’histoire génétique des peuples autochtones des Amériques a été résumée par un scénario relativement simple : des populations ancestrales venues du nord-est de l’Asie auraient traversé la Béringie avant de se disperser progressivement sur le continent.
Ce cadre général demeure. Mais une étude internationale publiée le 22 avril 2026 dans Nature montre que ce qui s’est produit ensuite ne peut être réduit à une migration uniforme suivie d’une expansion linéaire.
Les chercheurs du Indigenous American Genomic Diversity Project ont séquencé à haute couverture les génomes complets de 128 personnes appartenant à 45 populations autochtones d’Argentine, de Bolivie, du Brésil, de Colombie, d’Équateur, du Mexique, du Paraguay et du Pérou. Ces populations représentent 28 familles linguistiques. L’équipe a ensuite confronté ces données à des génomes contemporains et anciens déjà disponibles. (Nature)
Trois dispersions en Amérique du Sud, pas trois arrivées depuis l’Asie
L’un des résultats les plus importants concerne l’Amérique du Sud. Les analyses génétiques indiquent au moins trois grandes dispersions anciennes à l’intérieur du sous-continent, suivies par une différenciation régionale et, dans certaines populations, une remarquable continuité génétique.
Cette nuance est essentielle : l’étude ne démontre pas trois migrations indépendantes de peuples venus d’Asie vers l’Amérique du Sud. Elle décrit plusieurs mouvements et séparations de populations après l’entrée des ancêtres des peuples autochtones dans les Amériques.
Les travaux antérieurs avaient déjà montré qu’une grande partie de l’ascendance des peuples autochtones actuels remonte à une population ancestrale liée à la Sibérie et au nord-est asiatique, passée par la région de la Béringie. Une étude publiée dans Science en 2015 situait notamment la séparation d’avec les ancêtres asiatiques il y a au plus environ 23 000 ans, avant une diversification ultérieure sur le continent. (Doi.org)
La recherche de 2026 complexifie donc ce modèle sans le renverser.
Plus de 1,4 million de variants inconnus
Le résultat le plus spectaculaire concerne peut-être ce que les bases de données génétiques mondiales ne contenaient tout simplement pas.
En comparant les 128 génomes à plus de 270 000 individus présents dans plusieurs grandes ressources internationales, les chercheurs ont identifié environ 12,49 millions de variants génétiques ponctuels. Parmi eux, 1 426 511, soit 11,4 %, n’avaient jamais été répertoriés dans les bases étudiées. (Nature)
Ce chiffre ne signifie pas que les peuples autochtones posséderaient une biologie entièrement distincte. Il révèle surtout un problème méthodologique majeur : ils restent fortement sous-représentés dans la recherche génomique mondiale.
Autrement dit, une partie de ce qui semblait « inconnu » l’était parce que la science avait encore trop peu étudié ces populations.
L’énigmatique signal australasiatique
L’étude revient également sur l’un des résultats les plus intrigants de la génétique des populations américaines : certaines communautés sud-américaines présentent un faible excès de proximité génétique avec des populations d’Australasie.
Ce signal avait notamment été identifié en 2015 chez certaines populations amazoniennes dans une étude publiée dans Nature. (Nature)
Les nouvelles analyses détectent plusieurs régions génomiques partageant davantage d’allèles avec des populations australasiatiques. Les auteurs avancent l’hypothèse d’un ancien épisode de mélange génétique, dont certaines traces auraient ensuite été maintenues pendant plus de 10 000 ans, notamment sous l’effet de la sélection naturelle. (Doi.org)
Il faut cependant être extrêmement prudent : cela ne signifie ni que les peuples autochtones américains seraient « originaires d’Australie », ni qu’une migration directe depuis l’Australie vers l’Amérique serait désormais démontrée. L’origine et le trajet précis de cette composante génétique restent discutés.
Néandertaliens, Denisoviens et adaptation
Les chercheurs ont également identifié des segments génétiques hérités de populations humaines archaïques, notamment des Néandertaliens et des Denisoviens.
Environ 1,2 % du génome étudié correspondait, après les filtres utilisés par l’équipe, à des allèles archaïques considérés comme hautement probables. Certaines de ces variantes semblent associées à des fonctions biologiques susceptibles d’avoir joué un rôle adaptatif, notamment au niveau de la peau et de la kératinisation. (Nature)
Plus largement, les génomes portent des signatures de sélection naturelle concernant l’immunité, le métabolisme, la reproduction et le développement. Ces variations témoignent de milliers d’années d’adaptation à des milieux aussi différents que l’Amazonie, les Andes, les régions tropicales ou les zones méridionales du continent.
Ce que l’ADN change réellement
La véritable découverte n’est donc pas une prétendue « vérité cachée » sur les Amérindiens.
Elle est plus intéressante scientifiquement : il n’existe pas une histoire génétique simple et uniforme des peuples autochtones des Amériques.
Une origine ancestrale largement liée aux populations du nord-est asiatique et à la Béringie reste soutenue par les données. Mais après cette phase ancienne se dessinent des dispersions multiples, des isolements, des mélanges, des adaptations locales et des continuités régionales qui ont produit une diversité considérable.
Les 128 génomes étudiés ne constituent d’ailleurs pas une photographie exhaustive de l’ensemble des peuples autochtones du continent. Ils concernent principalement l’Amérique latine et doivent être complétés par davantage de recherches, notamment auprès de populations encore très peu représentées.
C’est précisément l’un des enseignements majeurs de l’étude : l’histoire génétique des Amériques n’était pas seulement simplifiée parce qu’elle est complexe. Elle l’était aussi parce qu’une grande partie de sa diversité restait absente des bases de données scientifiques.
Sources scientifiques
Castro e Silva, M. A., Nunes, K., Ribeiro, M. R. et al. “The evolutionary history and unique genetic diversity of Indigenous Americans.” Nature, vol. 653, pp. 134–145, 2026. Publié le 22 avril 2026. DOI : 10.1038/s41586-026-10406-w. Étude principale portant sur 128 génomes à haute couverture provenant de 45 populations autochtones. (Nature)
Skoglund, P., Mallick, S., Bortolini, M. C. et al. “Genetic evidence for two founding populations of the Americas.” Nature, vol. 525, pp. 104–108, 2015. Étude ayant identifié chez certaines populations amazoniennes une affinité génétique particulière avec des populations australasiatiques. (Nature)
Raghavan, M., Steinrücken, M., Harris, K. et al. “Genomic evidence for the Pleistocene and recent population history of Native Americans.” Science, vol. 349, 2015. DOI : 10.1126/science.aab3884. Travail de référence sur l’origine béringienne, la chronologie du peuplement et la diversification ancienne des populations autochtones américaines. (Doi.org)
