Des chercheurs britanniques ont mis au point un outil open-source capable de suivre les microbes en temps réel, transformant la biosurveillance mondiale. De la néonatologie à l’agriculture, MARTi s’impose comme un nouveau rempart face aux menaces invisibles.
Un outil léger et puissant
Face aux menaces invisibles qui se multiplient dans un monde interconnecté, une innovation britannique pourrait changer la donne. Des chercheurs du Earlham Institute, au Royaume-Uni, ont développé MARTi (Metagenomic Analysis in Real-Time), un logiciel open-source capable d’analyser et de visualiser les communautés microbiennes en temps réel. Publiée dans la revue Genome Research, cette avancée rend la métagénomique accessible à tous, des laboratoires hospitaliers aux expéditions scientifiques les plus isolées.
MARTi ne nécessite pas de superordinateurs. Le logiciel fonctionne aussi bien sur un ordinateur portable standard que sur une infrastructure de calcul haute performance. Il se compose de deux éléments : le moteur MARTi, qui traite les données génétiques à grande vitesse, et une interface web intuitive permettant de visualiser les résultats en direct. Les utilisateurs peuvent choisir entre plusieurs méthodes de classification — BLAST, Centrifuge ou Kraken2 — et ajuster les paramètres selon leurs besoins. Cette souplesse fait de MARTi un outil adaptable aussi bien pour les chercheurs que pour les praticiens de terrain.
De la néonatologie à la biosurveillance mondiale
À l’origine, MARTi a été conçu pour un besoin médical urgent : identifier rapidement les agents pathogènes chez les nouveau-nés prématurés, particulièrement vulnérables aux infections. Mais son champ d’application s’est rapidement élargi.
Aujourd’hui, l’outil alimente des travaux dans des domaines variés : diagnostic clinique, détection de la résistance aux antimicrobiens, surveillance agricole et biosurveillance environnementale.
Son intégration avec la technologie AirSeq lui permet même de repérer les agents pathogènes présents dans l’air, ouvrant la voie à une surveillance microbienne atmosphérique capable d’anticiper les épidémies.
Une réponse rapide aux défis du vivant
Le principal atout de MARTi est sa vitesse d’analyse. En identifiant instantanément les agents infectieux présents dans un échantillon, le logiciel permet aux chercheurs et cliniciens d’adapter les traitements en temps réel, évitant des délais critiques dans les situations d’urgence.
Dans le monde agricole, cette approche ouvre la voie à des systèmes de surveillance automatiséscapables de signaler immédiatement la présence d’agents pathogènes dans les sols ou les cultures. À l’heure du réchauffement climatique, où les zoonoses et les maladies émergentes se multiplient, cette innovation pourrait devenir un maillon essentiel de la sécurité biologique mondiale.
La science au service d’une veille planétaire
En démocratisant l’analyse métagénomique, MARTi efface les frontières entre les laboratoires de pointe et les équipes de terrain. Son ambition est claire : permettre à la science de répondre instantanément aux menaces microbiennes, qu’elles affectent les humains, les animaux ou les plantes.
Plus qu’un simple outil informatique, MARTi symbolise une nouvelle ère : celle d’une biosurveillance mondiale en temps réel, capable de protéger la santé planétaire grâce à la rapidité et à la précision de l’analyse génétique.
La Rédaction
Sources
• Genome Research — Publication du Earlham Institute : “MARTi: Metagenomic Analysis in Real-Time” (octobre 2025)
• Earlham Institute — Communiqué officiel : “Real-time metagenomic analysis tool enables microbial monitoring anywhere” (2025)
• ScienceDaily — “New open-source software enables microbial threat detection in real-time”(2025)
