Le Kenya ne fait plus face à une succession de foyers isolés de mpox. Plus de deux ans après la détection du premier cas sur son territoire, le virus continue de circuler et impose désormais aux autorités sanitaires une surveillance qui dépasse les seuls lieux où apparaissent de nouvelles infections. Les grands axes de mobilité, les villes portuaires, les frontières et les déplacements régionaux constituent une partie essentielle de la bataille sanitaire.
Au 6 septembre, le pays comptait 1 298 cas confirmés et 19 décès. Deux nouvelles infections ont été signalées à Nairobi et dans le comté de Machakos. Au total, 40 des 47 comtés kényans ont enregistré au moins un cas depuis le début de l’épidémie. Mombasa reste le principal foyer avec 452 cas, devant Nairobi, 320, et Busia, 115.
Une épidémie qui suit aussi les mobilités
La géographie des principaux foyers n’est pas anodine. Mombasa constitue l’une des principales portes d’entrée maritimes d’Afrique de l’Est, Nairobi concentre d’importants flux nationaux et internationaux, tandis que Busia se situe sur la frontière avec l’Ouganda. Machakos est lui aussi traversé par le corridor routier reliant Mombasa à l’intérieur de l’Afrique de l’Est.
Cette dimension est suivie de près par les autorités. Sept comtés, Mombasa, Nairobi, Busia, Makueni, Kiambu, Kilifi et Nakuru, font actuellement l’objet d’une vigilance renforcée, notamment en raison de leur exposition aux grands axes de transport et aux mouvements de population.
Elle apparaît également dans les données épidémiologiques. Sur les cas recensés, plusieurs sont associés à des déplacements depuis l’Ouganda, le Rwanda et la République démocratique du Congo. La mobilité ne suffit évidemment pas à expliquer l’ensemble des contaminations, puisque le virus circule également au sein des communautés, mais elle complique son endiguement dans un espace est-africain fortement interconnecté.
Le sous-clade Ib au cœur de la surveillance
Le séquençage génomique de 257 prélèvements a confirmé la circulation du sous-clade Ib du virus. Cette donnée est importante pour suivre les chaînes de transmission et adapter la réponse sanitaire. Le mpox se transmet notamment lors de contacts physiques étroits avec une personne infectée et peut également circuler dans les foyers, au-delà des seules transmissions sexuelles.
Le dépistage constitue dès lors un enjeu central. Sur 3 199 échantillons analysés au Kenya, environ 40 % se sont révélés positifs. Ces chiffres ne permettent pas, à eux seuls, de mesurer la prévalence dans l’ensemble de la population, puisque les personnes testées ne constituent pas un échantillon représentatif. Ils montrent néanmoins que la recherche active des cas demeure indispensable.
Vacciner au plus près des zones exposées
La réponse kényane commence justement à épouser cette géographie particulière de l’épidémie. Dans le comté de Machakos, une campagne ciblée a été lancée autour d’Athi River, Mlolongo et Kyumbi, trois zones fortement fréquentées par les transporteurs routiers. Environ 1 200 personnes appartenant à des groupes considérés comme particulièrement exposés devaient être vaccinées dans une première phase. Des opérations similaires avaient déjà été conduites à Mombasa et Busia.
Le gouvernement appelle parallèlement au maintien de la surveillance épidémiologique, de la vaccination, de la sensibilisation et des mesures d’hygiène. L’enjeu consiste désormais moins à empêcher l’arrivée d’un virus déjà présent qu’à identifier rapidement les nouvelles chaînes de contamination et à éviter leur installation durable.
Empêcher la banalisation du virus
C’est probablement là que se situe le principal défi. Après plus de deux ans de circulation, le risque serait de considérer le mpox comme une menace devenue ordinaire alors que les contaminations se poursuivent. Le passage de 119 cas confirmés dans 15 comtés en mai 2025 à 1 298 cas dans 40 comtés en septembre 2026 montre combien la géographie de l’épidémie s’est élargie.
Le Kenya dispose désormais d’une connaissance plus précise des territoires exposés, d’une surveillance génomique et de campagnes de vaccination ciblées. Mais sa position de carrefour régional ajoute une difficulté particulière : protéger la population sans transformer les frontières et les corridors commerciaux en barrières à la circulation.
Le véritable enjeu sanitaire est donc de prendre de vitesse un virus qui profite des contacts humains et des mobilités ordinaires. Au Kenya, contenir le mpox suppose désormais d’agir simultanément dans les communautés, les grandes villes et le long des axes qui relient le pays au reste de l’Afrique de l’Est.
La Rédaction
Sources : ministère kényan de la Santé et Kenya National Public Health Institute ; données épidémiologiques nationales sur le mpox ; Kenya News Agency ; presse kényane.
